A comienzos de la guerra era evidente que antes de cualquier
operación militar en un terreno tan difícil como el desierto de Atacama, debía
ganarse el control de los mares. En esta campaña sólo se enfrentaron las
fuerzas navales de Chile y Perú, ya que Bolivia no contaba con una, y si bien
el gobierno de este país intentó recurrir al corso para suplirlo, esto no
prosperó.El poder de la escuadra chilena se basaba en las fragatas blindadas
gemelas, Cochrane y Blanco Encalada. El resto de la escuadra estaba formada por
las siguientes naves de madera: las corbetas Chacabuco, O’Higgins y Esmeralda,
la cañonera Magallanes y la goleta Covadonga.Los buques capitales de la
escuadra peruana eran la fragata blindada Independencia y el monitor blindado
Huáscar. Completaban la escuadra peruana los monitores fluviales Atahualpa y
Manco Cápac, la corbeta de madera Unión y la cañonera de madera Pilcomayo.El
puerto peruano de Iquique fue bloqueado por parte de la armada chilena. En el
combate naval de Iquique, el 21 de mayo de 1879, el monitor Huáscar, logró
hundir a la corbeta chilena Esmeralda. El mismo día, en el combate naval de
Punta Gruesa la fragata Independencia se enfrentó con la goleta Covadonga, la
que astutamente dirigida logró que su adversario encallara en Punta Gruesa, en
su afán de espolonear a la Covadonga y dónde terminó sufriendo el bombardeo de
ésta. El resultado de ese día en Iquique y Punta Gruesa caló hondo en la
opinión pública de ambos países. Le dieron una victoria pírrica al Perú: el
bloqueo del puerto de Iquique fue levantado y las naves chilenas fueron
hundidas o abandonaron el área pero la escuadra peruana perdió a la fragata
blindada de 3500 toneladas, la mayor nave de la escuadra de la marina de guerra
del Perú, lo que representó un golpe irreparable para ésta. Pese a su
inferioridad técnica, el Huáscar mantuvo en jaque a toda la escuadra chilena
durante 6 meses en las que capturó transportes chilenos, cortó algunas vías de
comunicación y evitó con su velocidad a los blindados chilenos, incluso en
ciertas ocasiones intento torpedearlos pero sin éxito. El punto culminante de
las correrías del Huáscar fue la captura del vapor Rímac con el regimiento de
caballería Carabineros de Yungay a bordo, el 23 de julio de 1879. Este hecho
causó una crisis en el gobierno chileno que provocó la renovación del mando de
la armada chilena. La Unión que también participó en estas correrías para
hostilizar a las fuerzas chilenas, logró incluso fondear en Punta Arenas el 16
de agosto de 1879, para intentar capturar transportes con armas que debían
pasar por ese puerto. Aunque no logró su objetivo, fue una demostración de
decisión y capacidad de los marinos peruanos.Finalmente, el 8 de octubre de
1879 se encontraron los buques peruanos Huáscar y Unión con los buques chilenos
Cochrane, Blanco Encalada, Loa y Covadonga en el decisivo combate naval de
Angamos donde el monitor Huáscar fue capturado por la armada chilena , a pesar
del intento de hundirlo por parte de su tripulación. La corbeta Unión logró
escapar. La captura del Huáscar marcó el fin de las esperanzas peruanas en la
campaña naval de la Guerra del Pacífico. Pero aún sin sus buques mayores, la
marina peruana logró en 1880 hundir con el uso de artefactos explosivos y
torpedos la goleta chilena Covadonga, el transporte artillado Loa y la
torpedera Janequeo durante el bloqueo que la escuadra chilena había establecido
en el Callao, el 10 de abril de ese año. Después de sucesivos combates en ese
puerto y con las derrotas del ejército peruano en Chorrillos y Miraflores,
ocurridas el 13 y 15 de enero de 1881 respectivamente, la autoridad naval
peruana del puerto del Callao ordenó destruir las baterías de costa y los
buques que aún le quedaban a la marina peruana, entre ellos la Unión, lo que se
efectuó en la madrugada del 17 de enero para evitar que fueran capturados por
las fuerzas chilenas. Este hecho puso término a la campaña naval de esta
guerra.
Inmediatamente después de la batalla de Dolores, Sotomayor, el
ministro de guerra en campaña, propuso al gobierno chileno continuar con un
desembarco cerca de Lima para acortar la guerra. Pero dentro del gobierno se
insistió en la realización de la llamada "política boliviana" que
aseguraría la paz futura. Finalmente el gobierno decidió ocupar la región que
es la salida natural de Bolivia al oceáno.Tras un desembarco de reconocimiento
el 31 de diciembre de 1879 cerca de Tacna, 11,000 soldados chilenos fueron
desembarcados desde el 26 de febrero de 1880 y durante varios días en Punta
Coles, cerca de Ilo, sin ser atacados por los aliados. En la batalla de Los
Ángeles, el 22 de marzo, las tropas chilenas derrotaron a la guarnición peruana
y cortaron con ello las comunicaciones de Tacna y Arica con Arequipa, es decir
el resto del Perú. El 26 de mayo el ejército desembarcado derrotó a las tropas
aliadas dirigidas por Campero en la batalla de Tacna (o Del Campo de la
Alianza). El 7 de junio las últimas tropas aliadas fueron derrotadas en la
batalla de Arica. Tras esta campaña los ejércitos profesionales del Perú y
Bolivia dejaron de existir. Perú debió formar un nuevo ejército87 88 y Bolivia
no continuó su participación militar en la guerra aunque si apoyó al Perú con
armas y dinero. Ningún gobierno boliviano aceptó, durante la guerra, las
ofertas chilenas de ocupar Tacna y Arica.
