Situación interna en los paísesbeligerantes hasta la ocupación de Lima

El 15 de junio de 1881 Domingo Santa María fue elegido presidente de Chile, cargo que asumió el 18 de septiembre, y el nuevo congreso fue elegido en 1882, como estaba previsto por la ley.La situación interna boliviana no cambió con la caída de Lima.Argentina se había declarado neutral, pero amenazaba entrar en la guerra para obtener ventajas en sus negociaciones limítrofes con Chile y era conocido que permitía en su territorio el transporte de armas para los aliados, ejercía influencia en Europa y los EE.UU. para detener el avance chileno en la guerra y defendía una indemnización monetaria para Chile en vez de la cesión de territorios. Además existía en su población una fuerte corriente de apoyo a la causa aliada con la que alentaba esperanzas entre los aliados de que podría entrar en la guerra contra Chile. El 23 de julio de 1881, Chile y Argentina firmaron un tratado de límites en que, entre otros, se transaba la Patagonia oriental por el Estrecho de Magallanes.Nicolás de Piérola, quien abandonó Lima antes de la ocupación chilena para pretender seguir gobernando el Perú desde el interior del país, fue sustituido por un gobierno civil a cargo de Francisco García Calderón, que en un comienzo fue tolerado implicitamente por Chile. El Ministro Plenipotenciario de los EE.UU. en Lima, Stephen Hurlbut, alentó a García Calderón en su rechazo a la entrega del Departamento de Tarapacá, convenció a Cáceres y Montero para que abandonasen a Piérola y apoyasen a García Calderón, publicó una carta a los peruanos notables en que sostenía que EE.UU. no aceptaría una desmembración del Perú, negoció la cesión del puerto de Chimbote a la US Navy y la concesión del respectivo ferrocarril así como su participación personal en negocios del carbón de la zona. El secretario de estado estadounidense James G. Blaine promovía el plan de paz de la Crédit Industriel: indemnización a Chile, permanencia de Tarapaca como un protectorado de los EE.UU. y la explotación del guano y del salitre por compañías europeas, que entregarían una parte de las ganancias a Perú y Chile después de pagar a los acreedores.106 Tras la muerte del presidente James A. Garfield el 19 de septiembre de 1881, los EE.UU. cambiaron su política exterior y reconocieron, en el Protocolo de Viña del Mar, el derecho de Chile a una cesión territorial y declararon su neutralidad. Finalmente, la paz se encontraría posteriormente sin la mediación de los EE.UU., y los intentos estadounidenses por acabar con la guerra sólo la prolongaron en vez de acortarla.El 28 de septiembre Lynch prohibió el ejercicio de autoridades no establecidas por la ocupación. García Calderón fue detenido el 6 de noviembre y deportado a Chile, pero antes, el 29 de septiembre, nombró a Lizardo Montero, jefe del ejército del norte en Cajamarca, como sucesor. Montero instaló su gobierno en aquella ciudad aunque luego se trasladaría a Huaraz, dejando a Miguel Iglesias como jefe político y militar del norte, y a comienzos de 1882 estableció su sede de gobierno en Arequipa.